Фамилия Трофимра — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с личным именем, но с одним важным отличием: в русской традиции фамилии на -а обычно женские, а здесь основа мужская. Скорее всего, перед нами нестандартная запись фамилии Трофимов, где конечное -в перешло в -ра под влиянием диалектного произношения или ошибки переписчика. В некоторых говорах, особенно северных и сибирских, звук «в» на конце слова мог оглушаться или заменяться на «р» в результате ассимиляции, а фамилию записывали на слух. Поэтому Трофимра — это, по сути, та же Трофимова, но в застывшей фонетической форме.

Основа фамилии — каноническое имя Трофим, которое пришло из греческого языка и означало «кормилец» или «питомец». В святцах имя было распространённым, поэтому и фамилий от него образовалось много: Трофимов, Трофимкин, Трофимович. Вариант Трофимра выделяется тем, что суффикс -ра нехарактерен для стандартной русской антропонимии — обычно так оформлялись фамилии на -их/-ых (например, Трофимих), но здесь окончание иное. Возможно, это описка в документах XIX века, когда крестьян записывали со слов, и писарь, не расслышав, вывел «Трофимра» вместо «Трофимова».

Географически такая форма могла закрепиться в районах с сильным влиянием местных говоров, например, в Архангельской, Вологодской или Пермской губерниях. Если искать аналоги, то встречаются фамилии вроде Кузнецра, Петра — то же явление, когда конечный согласный заменялся. Носители фамилии Трофимра, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где фамилии часто фиксировались в упрощённом виде. Сегодня это крайне редкая фамилия, и её обладатели могут проследить родство с обычными Трофимовыми, но с уникальной «оговоркой» в истории письма.