Фамилия Троина в русском языке выглядит необычно: суффикс -ин обычно присоединяется к основам женского рода или к словам на -а/-я. В данном случае это прямое указание на исходное имя Троя, от которого и пошла фамилия. Суффикс -ин здесь закономерен, ведь основа оканчивается на гласный.

Само имя Троя относится к пласту древнерусских нецерковных имен-прозвищ, которые давали по порядковому номеру ребенка в семье. Троей называли третьего сына или дочь. Эта традиция была широко распространена в больших семьях: первого ребенка звали Первуша, третьего — Троя, пятого — Пятак, шестого — Шестак, восьмого — Осьмуша, девятого — Девятка или Девятайка. Особенно часто такие имена встречались на Русском Севере, где семьи были очень большими, и порядковое имя помогало различать детей без лишних слов.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть от названия праздника Святой Троицы. В этом случае основатель рода родился в Троицын день, и его прозвали Троей или Троиной. Однако против этой версии говорит форма фамилии: от праздника Троица естественнее было бы ожидать фамилию Троицын, а не Троин.

Любопытно, что похожая словообразовательная модель встречается и с другими основами. Например, от нарицательного «роза» возникала фамилия Розов, а не Розин, хотя по правилам русского языка суффикс -ов присоединяется только к словам мужского рода. Это показывает, что процесс формирования фамилий был длительным и не всегда следовал строгим правилам.

Процесс становления фамилии Троина мог идти через отчество: сына человека по имени Троя в документах записывали как Троин сын, а затем это закрепилось как фамилия. Точно определить время и место происхождения рода можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, но имя Троя как основа выглядит убедительнее праздничной версии.