Фамилия Тронкин образована от личного имени или прозвища Тронка, и у этой основы есть две основные версии происхождения, которые стоит рассмотреть по отдельности. Первая и наиболее вероятная связывает имя Тронка с каноническим именем Трофим. В переводе с древнегреческого оно означает «кормилец» и «воспитанник». Трофим известен как спутник апостола Павла во время третьего апостольского путешествия: неверующие иудеи, увидев его вместе с Павлом в Иерусалиме, подняли возмущение, которое закончилось для апостола оковами и темничным заключением. По преданию, сам Трофим принял мученическую смерть при римском императоре Нероне. Уменьшительная форма Тронка возникла естественным путем: в народной речи конечное «ф» часто заменялось на «в» или «н», а сам звук «м» редуцировался, что дало такие варианты, как Троха, Троша и, в данном случае, Тронка.

Вторая версия, менее распространенная, но имеющая право на существование, выводит прозвище Тронка из глагола «тронуть», то есть «тревожить». В этом случае именование могли дать беспокойному, непоседливому ребенку или, наоборот, человеку чуткому, остро реагирующему на происходящее вокруг. Такие прозвища по характеру или поведению были типичны для русской деревни, где меткое слово часто заменяло крестильное имя в быту.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Тронкин следует классической русской схеме: к основе Тронк- добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Тронкин буквально означает «сын Тронки», «тот, кто относится к Тронке». Такая модель с суффиксом -ин характерна для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я, и широко распространена в северных и центральных регионах России.

Стоит обратить внимание и на редкость самой фамилии. В отличие от массовых Трофимовых или Трошиных, Тронкины встречаются значительно реже, что косвенно подтверждает: основа Тронка не получила широкого распространения как самостоятельное имя, а осталась локальным прозвищем или семейным именованием. Возможно, она закрепилась в конкретной местности и передавалась по наследству, пока не оформилась в фамилию окончательно.

Историческая документация по фамилии скудна, и точных сведений о первых носителях нет. Однако, учитывая обе версии происхождения, можно предположить, что предок Тронкиных был либо человеком, носившим имя в честь святого Трофима, что указывало на религиозные традиции семьи, либо обладал живым, подвижным нравом, за что и получил свое прозвище. В любом случае, фамилия сохранила память об этом человеке в своей основе.