Фамилия Тронькин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Тронькин буквально означает «сын Троньки» или «человек из рода Троньки». В основе лежит имя Троня — уменьшительная форма одного из крестильных имён.

Какое именно имя дало начало Троне? Самый вероятный кандидат — Трофим (греч. «кормилец», «питомец»). В народной речи имя Трофим сокращалось до форм Троня, Тронька, Троха. Это типичный случай, когда полное имя в быту ужималось до двух-трёх слогов, а затем от этого сокращения образовывалась фамилия. Менее вероятно, но не исключено, что Троня — производное от имени Троадий или даже от Стротон (через искажение Строня). Однако ономастическая традиция в первую очередь связывает Тронькиных именно с Трофимом.

Встречается и бытовая, прозвищная версия. В некоторых говорах «тронька» или «троня» могло означать человека, который «трогает», то есть дотрагивается до чужого, или, наоборот, обидчивого, которого «не тронь». Такие прозвища по поведению тоже давали фамилии, но для Тронькина это скорее вторичная гипотеза. Основной массив носителей фамилии обязан своим происхождением имени Трофим.

География фамилии сосредоточена в центральных и южных областях России, особенно часто её встречают в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Там, где имя Трофим было популярно в крестьянской среде, фамилия Тронькин не редкость. Встречается и вариант Тронькин с ударением на первый слог, что характерно для некоторых южнорусских говоров.

Фамилия не относится к числу дворянских или старинных боярских родов. Как и большинство фамилий на -ин, она сформировалась в среде крестьян и мещан в XVI–XVII веках, когда отчество «Тронькин сын» закрепилось за потомками человека по имени Троня. Сейчас это редкая, но не исчезающая фамилия, сохраняющая память о забытом сегодня имени Трофим.