Фамилия Тронкина образована от мужского имени или прозвища Тронка. Чаще всего его считают производной, разговорной формой канонического имени Трофим. В переводе с древнегреческого это имя означает «кормилец» и «воспитанник». Трофим известен как спутник апостола Павла во время третьего апостольского путешествия. Когда неверующие иудеи увидели его вместе с Павлом в Иерусалиме, они подняли возмущение, которое закончилось для апостола оковами и темничным заключением. По преданию, сам Трофим принял мученическую смерть при римском императоре Нероне.

Имя Трофим на Руси было распространено, и народная традиция легко преобразовала его в краткие формы. Так Трофим превращался в Трошу, Троньку или Тронку. Именно форма Тронка и легла в основу фамилии Тронкин, а для женщин — Тронкина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Тронкин значит «сын Тронки», «ребёнок Тронки». Скорее всего, основатель рода Тронкиных был человеком из простого сословия, поскольку уменьшительные имена с суффиксом -к- чаще бытовали в крестьянской и посадской среде, чем в дворянской.

Есть и другая версия происхождения, менее очевидная. Прозвище Тронка могли дать человеку, связывая его с глаголом «тронуть», то есть «тревожить». В этом случае именование принадлежало беспокойному, непоседливому ребёнку или, наоборот, чуткому человеку, который остро реагировал на происходящее. Правдоподобность этой версии ниже: связь с именем Трофим выглядит естественнее, ведь церковные имена давали при крещении, а прозвища от глагола «тронуть» не встречаются в старых документах так часто, как производные от имён.

Как бы то ни было, потомки человека по имени или прозвищу Тронка со временем получили фамилию Тронкины. Встречается она и в форме Тронкин, и в форме Тронкина, что отражает обычную для русского языка смену окончаний по родам. Фамилия редкая, и её носители разбросаны по разным регионам, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных имён: они возникали в каждой местности независимо, но в малом количестве.