Фамилия Тронягин образована от личного прозвища Троняга по распространенной в русском языке модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность роду: Тронягин — «сын Троняги», «из семьи Троняги». Основа прозвища восходит к нарицательному «трон» — богато отделанное кресло на специальном возвышении, а в переносном значении — монархическая власть. Испокон веков троны рассматривались как символ королей и богов, в России до XVIII века трон называли Царским престолом или Царским местом. Такие места устанавливали в передних, или красных, углах палат, украшали золотом, серебром, драгоценными камнями и золотыми тканями.

Скорее всего, прозвище Троняга носило иронический характер: так могли прозвать властного, самолюбивого человека с большим самомнением, возможно, жестокого и требовательного к окружающим. В народной среде подобные «высокие» прозвища часто служили насмешкой над теми, кто пытался вести себя надменно или стремился к власти. Потомок человека с таким прозвищем со временем получил фамилию Тронягин.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования русских фамилий был длительным и захватывал разные сословия в разное время. Однако модель с суффиксом -ин (вместо более частотного -ов) типична для северных и северо-восточных русских земель, где такие фамилии часто закреплялись раньше и держались устойчивее. Сама фамилия Тронягин — редкий пример, когда в основе лежит не каноническое имя, а прозвище, связанное с символом власти, что делает ее любопытным памятником народной культуры и языка.