Фамилия Тройненко — типичный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В восточной и южной Украине этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», прирастал к самым разным основам — именам, прозвищам, профессиям. Тройненко не исключение: в основе лежит прозвище или имя Тройня.

Что такое Тройня? Первое, что приходит в голову, — тройняшки, тройня. В крестьянской среде, где рождение двойни или тройни воспринималось как событие из ряда вон, такое прозвище могли дать либо одному из тройняшек (чтобы отличать от братьев), либо отцу тройни. Но есть и другая версия: в некоторых говорах «тройня» означала не только трёх детей, но и тройную упряжку, тройку лошадей, или даже человека, который любил делать всё на троих — например, пахать три поля или торговать тройным товаром. Прозвище могло закрепиться за крестьянином, владельцем тройки лошадей, или за ремесленником, работавшим с тройным инструментом.

Суффикс -енко указывает на происхождение с земель современной Украины, особенно левобережной её части (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). В XVII-XVIII веках такие фамилии активно фиксировались в казачьих реестрах и метрических книгах. Тройненко — не самая частая фамилия, но и не редкая: она встречается в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Краснодарском крае и Ростовской области.

Формы вроде Тройня или Тройненко могли возникнуть и от канонического имени Трофим через его народные варианты — Троха, Троня, Тройня. Такое стяжение — обычное дело в живой речи. Если это так, то Тройненко — потомок некоего Трофима, чьё имя в быту сократили до Тройни. Спор между версиями «от прозвища» и «от имени» неразрешим без конкретных записей, но обе вполне правдоподобны.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые закрепились в великорусских землях, Тройненко сохраняет яркую украинскую окраску. Носители этой фамилии — скорее всего, потомки казаков или крестьян, живших на территории Гетманщины или Слободской Украины.