Фамилия Трубаев происходит от прозвища или мирского имени Трубай, которое в старину было широко распространено в славянской среде. Основа здесь — нарицательное «труба», и это слово в разных говорах имело множество значений. Помимо привычных нам «длинного пустотелого предмета» и «духового музыкального инструмента», трубами называли лодку-однодеревку (челн, выдолбленный из цельного ствола), вьюшку для размотки пряжи и даже особое хлебное пирожное. Согласитесь, между этими значениями мало общего, поэтому прозвище Трубай могло закрепиться за человеком по разным причинам: за громкий голос, сравнимый с трубным звуком, за профессию трубача, за мастерство в выделке деревянных челнов или за любовь к выпечке. Точную причину сегодня установить уже невозможно, но сам разброс значений показывает, насколько ёмким было это прозвище.

Существует и другая, менее очевидная версия. Исследователи допускают, что Трубай — это диалектное русское переосмысление тюркского имени Турбай. Оно составлено из двух основ: «тур» («живи») и «бай» («хозяин, богач, влиятельный господин»). Такое составное имя в прошлом давали ребёнку с пожеланием долгой жизни и достатка. При переходе в русскую среду необычное для слуха «Турбай» естественным образом превратилось в более привычное «Трубай», а позже дало жизнь фамилии Трубаев. Эта версия правдоподобна, учитывая многовековое соседство славянских и тюркских народов, но всё же уступает первой по простоте объяснения: суффикс -ай в славянских прозвищах встречается часто и легко образовывался именно от русских слов.

Сама фамилия построена по классической патронимической модели: от именования Трубай через притяжательный суффикс -ев образовано «Трубаев», то есть «сын Трубая». Такая схема типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках, когда прозвища отца закреплялись за детьми и внуками как наследственное родовое имя.

Интересно, что фамилия Трубаев не имеет отношения к знаменитой фамилии Трубецкой — та происходит от названия города Трубчевска, и её история совершенно иная. А вот с фамилиями Трубачёв, Трубников и Трубанов Трубаевы состоят в дальнем родстве: все они так или иначе связаны со словом «труба», но образованы от разных его значений и разными способами. Например, Трубачёв — от профессии трубача, а Трубников — от мастера, делавшего трубы.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии Трубаев можно лишь приблизительно: как и большинство русских фамилий, она складывалась постепенно, и разные семьи с этим именованием могли появляться независимо друг от друга в разных регионах. Точную родословную конкретной семьи Трубаевых можно проследить только через архивные документы и генеалогические изыскания.