Фамилия Трухавненко — украинская по происхождению, что сразу выдает суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс (а также его варианты -енко, -ко) — самый распространенный патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». То есть Трухавненко буквально означает «сын Трухавного» или «потомок Трухавна». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Трухавн-».

Здесь мы сталкиваемся с редким случаем, где корень неочевиден даже для носителя языка. Самая прямая версия — связь с глаголом «трухать» или «трухнуть», что в восточнославянских говорах означает «гнить», «преть», «становиться трухлявым». Отсюда «труха» — гниль, труха (мелкие сухие остатки). В таком случае прозвище Трухавный могли дать человеку за неопрятность, болезненный вид или за связь с чем-то старым, рассыпающимся. Однако прозвища часто бывали ироничными или охранительными, поэтому не стоит воспринимать их буквально как прямое оскорбление.

Есть и другая, более прозаичная версия. Фамилия могла образоваться от названия населенного пункта. На Украине существует несколько сел с названием Труханово или Труханівка (в Житомирской, Киевской, Черниговской областях). Человек, выходец из такого села, мог получить прозвище Трухан, а его сын — стать Труханенко. Форма «Трухавненко» с буквой «в» в середине — это диалектный или исторический вариант произношения: в украинских говорах «Труханів» могло звучать как «Трухавний» (с утратой «і»), и от этой основы и пошла фамилия.

Интересно, что фамилия Трухавненко встречается значительно реже, чем её «старший брат» — Труханенко. Это говорит о том, что она могла закрепиться в узком локальном ареале, возможно, на территории современной Черниговщины или Полтавщины, где такие фонетические переходы были распространены. В любом случае, перед нами типичный пример украинской фамилии, возникшей либо от прозвища, связанного с бытовой характеристикой, либо от географического названия, но с необычным орфографическим следом, который и делает её уникальной.