Фамилия Труха — редкий случай, когда основа совпадает с нарицательным словом, но прямое значение «труха» (гниль, пыль, перепревшая солома) вряд ли было прозвищем. Скорее всего, перед нами фонетическая или диалектная форма другого имени или прозвища. Самый вероятный источник — разговорный вариант имени Трофим, которое в просторечии звучало как Троха, Труха (через замену «о» на «у» под влиянием аканья или местных говоров). В этом случае фамилия Труха — это усечённая форма от Трофим, а суффикса в ней нет: она образована напрямую от прозвища Труха, которое давали человеку по имени Трофим.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию со словом «трухать» — в некоторых диалектах это «бежать рысью», «трястись». Тогда прозвище Труха мог получить суетливый, торопливый человек или тот, кто работал с лошадьми. Третья гипотеза — отголосок древнерусского имени Трухан, которое фиксируется в исторических документах (например, в новгородских берестяных грамотах), но его этимология неясна: возможно, от «трухнуть» (бояться, трепетать) или от тюркского корня.

Фамилия встречается преимущественно на юге России и в Украине, что поддерживает версию с Трофимом: именно в этих регионах форма «Труха» вместо «Троха» была обычной. По модели образования это типичная «прозвищная» фамилия без патронимического суффикса — такие часто давали в крестьянской среде, где человека называли по уличному имени, а его потомки наследовали это прозвище как фамилию. В официальных документах XIX века Труха могла записываться без изменений, не переходя в Трухин или Трухов, что говорит о поздней фиксации: фамилию закрепили в той форме, в какой её произносили в быту.

Однокоренные фамилии — Трухин, Труханов, Трухачёв — имеют разные суффиксы и, скорее всего, восходят к другим основам (Трухан, Трухач), хотя в народной этимологии их часто путают. Фамилия Труха осталась без «украшающих» суффиксов, что делает её прозрачной для диалектолога, но сбивает с толку обычного носителя: она не похожа на «дворянскую» или «семинарскую», а звучит как прямое прозвище, хотя на деле скрывает за собой церковное имя Трофим.