Фамилия Трухачева напрямую связана с мужским крестильным именем Трифон. В переводе с древнегреческого tryphon означает «нежный», однако в основу фамилии легла не сама каноническая форма, а её просторечный вариант — Трухач. Такое сокращение и переделка имени на русской почве — явление обычное: длинное и неудобное для повседневной речи имя крестьяне и горожане перекраивали на свой лад, и со временем уменьшительная форма закреплялась за человеком как основное прозвище.

Скорее всего, основатель рода Трухачевых был человеком из простого сословия. Именно в крестьянской и посадской среде чаще всего использовали такие обиходные формы церковных имён, тогда как дворянство и духовенство держалось более строгого написания. Поэтому фамилия Трухачева — это типичный пример народной адаптации имени, которая через несколько поколений превратилась в наследственное родовое прозвание.

Есть, впрочем, и другая гипотеза. Она выводит прозвище Трухач не от имени, а от нарицательного слова «труха» — перетёртая мелочь, избитые остатки, сенные обивки, перетёртое сено. В этом случае прозвище могло закрепиться за бедным человеком, чьё хозяйство было скудным, или за тем, кто работал с сеном и кормами. Эта версия менее популярна, но полностью отбрасывать её нельзя: в народной ономастике прозвища от бытовых реалий встречаются не реже, чем переделки имён.

Косвенным подтверждением того, что основа Трух- была живой и употребительной, служат записи из словаря С. Б. Веселовского. Там упоминаются родственные фамилии и прозвища: Труха, крестьянин, 1540 год, Новгород; Караул Иванович Трухин, 1603 год, Новгород. Эти примеры показывают, что корень Трух- бытовал в северных русских землях ещё в XVI веке и давал начало разным фамильным формам — Трухин, Трухачев, Труханов.

Какую из версий принять — вопрос вкуса, но первая, от имени Трифон, выглядит правдоподобнее. Фамилии, образованные от просторечных форм крестильных имён, составляют огромный пласт русской ономастики, и Трухачев в этом ряду не исключение. Тем более что слово «труха» в значении «бедняк» не зафиксировано в словарях как устойчивое прозвище, тогда как переделка Трифона в Трухача объясняется просто: звук «ф» в народной речи часто заменяли на «х» (ср. Филипп — Хилипп, Фёдор — Хведор).

Суффикс -ев в фамилии указывает на притяжательное значение: Трухачев — сын, потомок Трухача. Со временем форма закрепилась, и сегодня фамилия Трухачева встречается в разных регионах России, сохраняя память о том, что её первый носитель, скорее всего, был обычным человеком, которого окружающие звали просто Трухач.