Фамилия Трухачевы (в написании через «ё» — Трухачёвы) принадлежит к распространенному типу русских фамилий, образованных от имени собственного. Вопрос о ее происхождении имеет две основные версии, и обе заслуживают внимания.

Первая и более правдоподобная гипотеза связывает основу фамилии с церковным именем Трифон. В переводе с древнегреческого tryphon это имя означает «нежный». В основу фамилии легла просторечная, народная форма этого имени — Трухач. Такое преобразование типично для русской ономастики: церковные имена в быту часто менялись до неузнаваемости, обрастая привычными для слуха суффиксами и окончаниями. Потомок человека по имени Трухач со временем получал фамилию Трухачев.

Существует и альтернативная гипотеза, согласно которой в основе лежит не имя, а прозвище Трухач. Его связывают со словом «труха» — «перетертая мелочь, избитые остатки, сенные обивки, перетертое сено». Логично предположить, что такое прозвище мог получить бедный человек, чье имущество или хозяйство не отличалось достатком. Однако эта версия выглядит менее убедительной: прозвища, образованные от абстрактных понятий бедности, в русской традиции встречаются реже, чем производные от личных имен.

Исторические источники подтверждают существование родственных имен и фамилий в новгородских землях. В труды С. Веселовского включены упоминания: Труха, крестьянин, 1540 год, Новгород; Караул Иванович Трухин, 1603 год, Новгород. Эти записи показывают, что корень «трух» был знаком русской антропонимии уже в XVI веке, а Новгородчина выступала одним из очагов распространения таких именований.

Точное время и место возникновения фамилии Трухачев установить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на столетия. Но сам факт двойной этимологии делает эту фамилию интересным примером того, как народная этимология и церковная традиция переплетаются в одном слове. Независимо от того, какая версия верна, фамилия Трухачевы остается памятником славянской письменности и культуры, сохранившим в себе следы живой речи далеких предков.