Фамилия Трухаева — женская форма от Трухаев, и её происхождение стоит искать не в глаголе «трухать» (его в русском языке в нужном значении нет), а в прозвище или имени, которое легло в основу. Самая вероятная версия: основа «Трух» — это сокращённая форма одного из крестильных имён, например, Трифон (в народном произношении «Труфон» могло дать «Труха») или Трофим. Уменьшительные имена вроде Труха, Трушка, Трухан были распространены в крестьянской среде: так могли звать человека в быту, а потом прозвище закрепилось за детьми.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Трухаев буквально «сын Трухая». Окончание -ев, а не -ов, говорит о том, что основа заканчивалась на мягкий согласный или «й»: «Трухай» — отсюда и форма. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ай/-яй (сравните: Гуляй → Гуляев, Лентяй → Лентяев).

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «труха» — так в некоторых говорах называли труху, перегнившую солому или пыль от сена. В этом случае прозвище Труха могли дать неаккуратному или небогатому человеку, но такая этимология встречается реже, чем антропонимическая (от имени).

Географически фамилия Трухаева не привязана к одной области, но чаще встречается в центральных и южных регионах России, а также на Украине. В дореволюционных документах носители фамилии записаны в основном как крестьяне и мещане — сословная принадлежность типичная для фамилий, образованных от уменьшительных форм имён.

В написании стоит обратить внимание на вариант Трухаёва — с буквой «ё» под ударением. В старых метрических книгах и переписях часто писали «Трухаева» без точки над «е», поэтому правильное ударение (на второй слог или на «ё») можно восстановить только по живой традиции семьи. Если в роду произносят Трухаёва — значит, исходная форма была с «ё», что не меняет этимологии, но добавляет диалектный оттенок.