Фамилия Трукшина — женская форма, мужской вариант — Трукшин. Её основа, скорее всего, напрямую связана с редким прозвищем или неканоническим именем Трукша. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Трукшин буквально означает «сын Трукши» или «человек из рода Трукши».

Разобрать корень «Трукш-» сложнее: в русских говорах нет прямого нарицательного слова с таким значением. Вероятнее всего, это усечённая или диалектная форма от имени Трофим. В народной речи имя Трофим часто сокращали до Троша, а от него могли образовать Трукша — через замену или искажение звуков (ср. Гриша — Гришуха, но такие модели встречаются реже). Есть и другая гипотеза: связь с глаголом «трукать» (в некоторых говорах — стучать, греметь) или с литовским «trukšti» (шуметь, греметь). В таком случае прозвище Трукша могли дать шумному, непоседливому человеку. Эта версия менее вероятна, но не исключена, если фамилия бытует в регионах, граничащих с балтийскими языками.

География фамилии узкая. Трукшины встречаются в основном в центральных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, а также в Поволжье. Это указывает на крестьянское происхождение: фамилия не попала в дворянские родословные книги и не фиксируется в ранних боярских списках. Судя по всему, Трукшины — потомки вольных или помещичьих крестьян, получивших фамилию по имени или прозвищу родоначальника.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Трушин, Труханов, Труфанов) показывает, что Трукшин стоит особняком. Если Трушин — почти всегда от Трофим, то Трукшин мог возникнуть из того же источника, но через нестандартную народную форму. Это делает фамилию ценной для историков языка: она сохранила редкий вариант произношения, который не закрепился в литературной норме.