Фамилия Трукшанина — редкий пример, где женская форма закрепилась в качестве основной и, скорее всего, исходной. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я: Трукша → Трукшин, но здесь мы видим суффикс -анин, что выбивается из стандартной патронимической модели. Скорее всего, перед нами не патроним (сын Трукши), а более сложное образование, либо топонимическое по происхождению.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с названием населённого пункта. Формант -анин в русских фамилиях нередко указывает на выходца из определённой местности: Тверянин, Москвин (от москвич). В данном случае основой могла стать деревня или река с названием Трукша или Трукшино. Такие топонимы встречаются в северо-западных регионах России, особенно в бывших новгородских землях и Карелии. Тогда Трукшанина — это «женщина из Трукши», а мужская форма фамилии, если она существовала, могла звучать как Трукшанинов, но не прижилась.

Корень «трук-» не имеет ясной славянской этимологии. Он может быть заимствован из прибалтийско-финских языков, где встречаются основы со значением «труба», «жёлоб», «проток» (ср. фин. trukki). В таком случае Трукша — это гидроним, название ручья или речки, и фамилия получил человек, живший у этого водоёма. Также нельзя исключать, что в основе лежит прозвище Трукша, образованное от глагола «трукать» (в некоторых говорах — стучать, колотить) или от слова «трук» — звукоподражания шагам, стуку.

Сословно фамилия, вероятнее всего, крестьянская или мещанская, поскольку дворянские фамилии редко образовывались по такой модели. Учитывая редкость, носители фамилии Трукшанина могут быть потомками жителей одного конкретного села или деревни, фамилия которых записана в метриках уже в женской форме — например, при замужестве или при переписи, когда женщина значилась как единственная представительница рода в данной местности. Для точного поиска стоит обратить внимание на переписные книги и ревизские сказки Новгородской, Олонецкой или Архангельской губерний.