Фамилия Трукшанин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а почти наверняка географическое название. Её выдают суффиксы. Окончание -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Трукшанин, то есть сын или потомок Трукшана. А вот сам «Трукшан» — это, скорее всего, не имя, а прозвище человека, который был родом из места с похожим названием.

Здесь ключевой элемент — суффикс -ан, который в русском языке часто образовывал названия жителей по местности: «поляк» — «полянин», «Рига» — «рижанин», «Трубчевск» — «трубчанин». По этой же модели возникло прозвище «Трукшанин» — «житель Трукши». Значит, предок носителя фамилии происходил из населённого пункта с основой «Трукш-». Сегодня такого села или деревни не найти в справочниках, но это типичная ситуация: мелкие хутора и выселки исчезали, а фамилии, данные по ним, оставались.

Сама основа «Трукш-» звучит не по-славянски. Это заставляет предположить, что корень мог быть заимствован из балтийских или финно-угорских языков, которые оставили след в топонимике Северо-Запада и Центра России. Возможна связь с литовским или латышским словом, означающим «тростник» или «камыш» (ср. лит. trukšėti — «трещать», «хрустеть»). Если так, то Трукша — это «камышовое место», болотистый луг или берег реки. Фамилия могла закрепиться на Псковщине, в Смоленской или Тверской губерниях — в зоне активных балтийских контактов.

Встречается также версия, что Трукшанин — это вариант написания фамилии Трухшанин или Трукшанов, где основа восходит к имени Трофим (в народных формах Труха, Трушка). Но такая связь менее вероятна: суффикс -анин-/-янин- почти не используется для образования фамилий от личных имён. Он жёстко привязан к топонимике. Поэтому версия с названием местности остаётся основной.

Таким образом, фамилия Трукшанин — это «географический маркер». Она говорит о том, что родоначальник был выходцем из небольшого поселения Трукша, которое, вероятно, стояло на сырой, поросшей камышом низине. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, имеют общие корни в одном из западных регионов России.