Фамилия Трункина хранит память о прозвище дальнего предка — Трунок. Это лаконичная и ясная словообразовательная цепочка: прозвище Трунок → отчество Трункин → фамилия Трункина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Трунка, потомок Трунка. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на согласный.

Что могло означать само прозвище? Здесь есть две основные версии. Первая отсылает к диалектному слову «трун», которое в вологодских говорах значило «отрепье, ветошь». В этом случае прозвище Трунок, скорее всего, носило «профессиональный» оттенок: так могли назвать старьевщика, человека, имевшего дело с подержанной одеждой и тряпьём. Прозвища по роду занятий были широко распространены на Руси и часто вытесняли крестильное имя в повседневном обиходе.

Вторая версия связана с беломорскими говорами, где словом «трун» называли вид камбалы. Тогда прозвище Трунок мог получить рыбак, промышлявший этим видом рыбы. Обе гипотезы правдоподобны, и обе указывают на конкретную деятельность предка, что делает фамилию ценным источником сведений о семейной истории.

Прозвище Трунок закреплялось за человеком как наиболее употребительное именование, передавалось детям и внукам, а со временем, после отмены крепостного права и массового закрепления фамилий, легло в основу фамилии Трункин. Так потомок человека с прозвищем Трунок получил фамилию, которая по сей день хранит память о происхождении рода.