Фамилия Трунькина — редкий случай, когда прозвище дали не по внешности, ремеслу или характеру, а по манере поведения, точнее — по типичному действию. Основа здесь — глагол «трунить» (насмехаться, подшучивать, подтрунивать). В русских говорах слово было живым и конкретным: «трунька» — это человек, который любит подколоть, посмеяться над другими, но не зло, а скорее весело и безобидно. Такое прозвище могли дать бойкому, остроумному парню или девушке, которые всегда были заводилами в шутках.

Суффикс «-к-» в основе «Труньк-» — уменьшительно-ласкательный, он смягчает исходное «труня» (насмешник). То есть прозвище Трунька звучало не грубо, а скорее по-домашнему: «наш шутник, балагур». Фамилия образована по стандартной русской модели: к прозвищу на -а добавили притяжательный суффикс -ин, и получилось «Трунькин» — сын или потомок Труньки. Женская форма Трунькина — это либо жена, либо дочь Трунькина, но в современном употреблении она закрепилась как фамилия женщины.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где слово «трунить» было особенно употребительно. Встречается и украинский вариант — Трунько, с тем же значением, но с другим суффиксом. В XIX веке носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами: прозвищного происхождения фамилии обычно не давали дворянам, а фиксировали за простыми людьми.

Стоит отметить, что фамилия Трунькина не имеет отношения к слову «труна» (гроб) — это случайное звуковое совпадение. В говорах «труна» означает «гроб», но прозвище от него образовывалось бы иначе (Трунов, Трунин). А связь с «трунькать» (стучать, бренчать) маловероятна: это диалектное слово встречается реже и не дало устойчивых прозвищ. Самая логичная версия — именно от глагола «трунить», тем более что в ономастических работах (например, у В. А. Никонова) такие модели описаны как типичные для прозвищ по поведению.