Фамилия Трункова — женская форма фамилии Трунков, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Трунков, скорее всего, образована от прозвища или мирского имени Трунок. В русской ономастике суффикс -ок часто указывал на уменьшительно-ласкательную форму, так что Трунок могло быть прозвищем человека небольшого роста, коренастого или, наоборот, обладающего какой-то характерной особенностью, связанной с корнем «трун».

Корень «трун» — редкий и неоднозначный. В русских говорах слово «трун» могло означать нечто мелкое, крошащееся, труху или даже пустяк. В диалектах встречается глагол «трунить» — подшучивать, насмехаться. Если прозвище Трунок дали человеку с весёлым нравом или склонному к иронии, то фамилия Трунков и, соответственно, Трункова будет означать «принадлежащий потомку такого человека». Также возможна версия, что основа восходит к древнерусскому имени Трун, зафиксированному в исторических документах, хотя оно встречается крайне редко.

С точки зрения словообразования, фамилия типична для центральной России. Фамилии на -ов/-ев, как правило, принадлежали крестьянскому или мещанскому сословию. В отличие от дворянских фамилий, которые часто образовывались от географических названий, Трункова — «патронимическая»: её давали по отцу или деду. География фамилии сегодня охватывает в основном европейскую часть России, с некоторой концентрацией в Вологодской и соседних областях, где диалектная лексика сохранилась лучше.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским «туран» или немецким «Трунк» (trunk — ствол), но это маловероятно, так как суффикс -ок указывает на славянскую модель образования. Для носительницы фамилии Трункова ключевой вывод простой: её предки получили прозвище по характеру, внешности или занятию, а сама фамилия — редкий образец народной словообразовательной традиции, сохранившийся до наших дней.