Фамилия Трункин образована от прозвища Трунок. Это уменьшительная форма, которая легла в основу фамилии по модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Трункин — сын Трунка, потомок человека с таким прозвищем. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я, но здесь мы видим редкий случай, когда он закрепился за основой на согласный, что делает модель образования фамилии не самой типичной.

Самобытность фамилии подчёркивает и её корень. Согласно одной из гипотез, прозвище Трунок связано с диалектным нарицательным «трун». В вологодских говорах это слово означало «отрепье, ветошь», а в беломорских — «вид камбалы». Если верна первая версия, прозвище относилось к «профессиональным» именованиям: так могли назвать старьевщика, человека, имевшего дело с ветошью. Если же опираться на беломорское значение, то предок мог быть рыбаком, промышлявшим камбалой. Обе трактовки уходят корнями в народную речь и ремёсла, а не в церковные или книжные имена, что говорит о простонародном происхождении фамилии.

Правдоподобнее выглядит связь с ветошью и отрепьем: такие прозвища на Руси давали чаще и охотнее, чем по названию рыбы, которое вряд ли закрепилось бы за человеком вне рыболовецкой артели. Впрочем, для северных территорий, где беломорские говоры соседствуют с вологодскими, нельзя полностью исключать и «рыбную» версию. Точное время и место возникновения фамилии Трункин без серьёзных генеалогических изысканий назвать нельзя: процесс формирования фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности. Однако сам факт, что в основе лежит диалектное слово, а не каноническое имя, делает фамилию Трункин ценным памятником народной славянской культуры и живым свидетельством того, как прозвище, данное по занятию или внешнему виду, со временем превратилось в родовое имя.