Фамилия Трунькова хранит память о прозвище дальнего предка — Трунек. Это краткая форма, которую в старину использовали в быту наравне с полным именем, и именно она со временем закрепилась как родовое именование. Прозвище Трунек, в свою очередь, восходит к диалектному слову «трун», и здесь открывается простор для двух версий происхождения.

В вологодских говорах «трун» означал «отрепье, ветошь». Если придерживаться этой версии, прозвище Трунек относилось к числу «профессиональных» именований и указывало на род деятельности предка — он мог быть старьевщиком, скупавшим и продававшим подержанную одежду. Впрочем, прозвище могло закрепиться и за неопрятным человеком, чья одежда напоминала ветошь, — такой вариант тоже нельзя исключать.

Вторая гипотеза уводит на север, к беломорским говорам, где словом «трун» называли вид камбалы. Тогда прозвище Трунек получил рыбак, промышлявший этой рыбой. Обе версии правдоподобны, но первая, связанная с вологодскими говорами, выглядит несколько убедительнее: она объясняет и возможное переносное значение прозвища, и его распространение. Однако без точных сведений о месте проживания первых носителей фамилии окончательный выбор между версиями сделать сложно.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и центра: к основе Трунек добавили притяжательный суффикс -ов, получив форму Труньков. Ударение в фамилии падает на второй слог, что и дало беглую гласную в суффиксе — на письме это отразилось как Труньков. Женская форма Трунькова — естественное родовое окончание, закрепившееся за супругой и дочерьми.

Фамилия Трунькова — редкая, и в этом её особая ценность для потомков: чем меньше носителей, тем теснее они связаны общим корнем и тем бережнее стоит относиться к семейным преданиям, которые могут пролить свет на то, какой из вариантов прозвища — «ветошь» или «камбала» — лёг в основу фамилии их рода.