Фамилия Трунько — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была особенно распространена на Левобережной и Правобережной Украине. Суффикс -ко в таких фамилиях выполнял уменьшительную или «сыновью» функцию, то есть Трунько — это буквально «маленький Трун» или «сын Труна». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто застывали в притяжательной форме, украинские фамилии на -ко сохраняли личное прозвище в почти неизменном виде.

Основа «Трун» — спорная. Самое прямое объяснение отсылает к диалектному украинскому слову «трун» — так в некоторых говорах называли растение (траву, стебель) или, реже, трухлявый пень. Прозвище Трун могли дать человеку за худобу, высокий рост или, наоборот, за неопрятность и «гниловатость» — в языке сохранилось слово «трухлявий» (гнилой). Однако есть и другая, более живая версия: «трун» могло быть вариантом имени Трофим (через форму Трун — Тронь — Трофим). В украинской народной традиции имя Трофим легко сокращалось до Трун, а далее суффикс -ко давал фамилию Трунько.

Географически фамилия Трунько встречается в Полтавской, Черкасской и Харьковской областях, что подтверждает её украинское происхождение. В России она редка и, скорее всего, попала туда с переселенцами с Украины в XIX–XX веках.

Интересная деталь: в отличие от распространённых фамилий типа Трофименко или Трофимов, Трунько не имеет очевидной церковной привязки. Это говорит о том, что прозвище Трун могло быть чисто бытовым, не связанным с крестильным именем. Если же версия с Трофимом верна, то фамилия Трунько — это редкий пример того, как имя через диалектное сокращение потеряло связь с исходником и стало звучать почти «растительно».