Фамилия Трушникова образована от прозвища Трушник, и корень здесь — старинный глагол «трутить». В древнерусском языке у него было несколько значений, и это даёт нам как минимум три версии происхождения прозвища.

Первая версия — поведенческая. Глагол «трутить» означал «давить», «тереть», «мозолить», «утомлять», а также «жить тунеядцем, дармоедом», то есть «есть и спать не работая». В этом случае Трушником называли либо назойливого, утомляющего человека, либо, наоборот, ленивого бездельника. Прозвища, отражающие недостатки или особенности характера, были широко распространены на Руси, так что эта версия вполне жизнеспособна.

Вторая версия — промысловая, и она связана с рыболовством. В псковском диалекте существовало выражение «трутить рыбу» — так называли способ ловли, при котором рыбу отравляли или лишали подвижности, после чего её было легко собрать. Трушником могли прозвать рыбака, который промышлял таким способом. Это делает фамилию не просто прозвищной, а профессиональной, указывающей на род занятий предка.

Третья версия — бытовая, связанная с огнём. Трутить можно было тряпицу — её томили на огне в закрытом сосуде, не давая сгореть. Такие тлеющие тряпки использовали как зажигалку, для переноса огня или разжигания нового. Человек, который мастерил такие труты или умело с ними обращался, вполне мог получить прозвище Трушник.

Какая из версий правдоподобнее? Скорее всего, прозвище возникло в одном конкретном месте и относилось к конкретному человеку, но сегодня мы уже не можем точно сказать, что именно он делал — тёр, тунеядствовал, глушил рыбу или носил с собой трут. Все три значения слова «трутить» существовали параллельно, поэтому фамилия Трушникова — это типичный случай, когда прозвище, данное по одному из многих смыслов, закрепилось за родом.

Сама фамилия образована по стандартной модели: к прозвищу Трушник добавился суффикс -ов-, а затем — окончание -а, указывающее на женскую линию рода. Трушникова — это буквально «дочь или жена Трушника». Такая форма характерна для русских фамилий, которые закреплялись в семьях с конца XVII века и на протяжении XVIII–XIX веков. Потомок человека с прозвищем Трушник со временем получил фамилию Трушникова — через отца, которого окружающие знали как Трушника.