Фамилия Цебенюк — редкий пример украинской модели фамилии, образованной от заимствованного корня. Основа — слово «цебен», которое в украинских и польских говорах означало «челнок» (деталь ткацкого станка, в которую вставляется шпулька с нитью). Человек по прозвищу Цебен — скорее всего, ткач или ремесленник, работавший на станке.

Суффикс -юк типичен для западноукраинской (прежде всего подольской, волынской и галицкой) антропонимии. Он выполняет ту же роль, что и -ов/-ев в русских фамилиях: указывает на принадлежность — «сын Цебена» или «потомок Цебена». Таким образом, Цебенюк — «маленький челнок» или «сын ткача», но в прямом значении фамилия закрепилась как родовая.

Есть и вторая, менее вероятная версия — от диалектного глагола «цебенити» (чесать, трепать лён или коноплю). Тогда прозвище Цебен мог получить работник, занятый первичной обработкой волокна. Но связь с ткачеством выглядит надёжнее: слово «цебен» зафиксировано в словарях украинского языка именно как название ткацкой детали.

Географически фамилия тяготеет к Тернопольской, Хмельницкой и Ивано-Франковской областям. В дореволюционных метрических книгах Цебенюки записаны преимущественно как крестьяне и мещане — сословная принадлежность типичная для носителей украинских фамилий на -юк.

Интересная деталь: в русском языке фамилия нередко искажалась при записи — встречались варианты Цебенюк, Цибенюк и даже Цебенюков (с русифицированным окончанием). Но исходная форма на -юк сохранила связь с украинской словообразовательной традицией, где уменьшительно-патронимические суффиксы были основным способом создания фамилий у простого населения.