Фамилия Цепулин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на принадлежность отцу, а на происхождение от прозвища или профессии, заканчивающейся на согласный. В основе фамилии лежит слово «цепула» — так в юго-западных областях России и в Беларуси называли цеп, ручное орудие для молотьбы. Корень тот же, что и в слове «цепить»: цеп устроен так, чтобы захватывать, «цеплять» снопы. Человек, работавший цепом, — молотильщик — получал прозвище Цепула. В украинском и белорусском языках «ціп» (цеп) дал производные вроде «цепуля» или «цепула», и именно от этой формы с суффиксом -ин образовалась фамилия. В русском языке закрепилась бы форма Цепулов, а вот Цепулин — явный маркер западнорусского или украинского происхождения, где фамилии на -ин от основ на -а обычны.

Вторая, менее вероятная версия — от уменьшительной формы имени Цепул (древнерусское нецерковное имя, от «цеп» — цепкий, упорный). Но исторических записей об имени Цепул нет, тогда как прозвища по ремеслу встречаются сплошь и рядом, так что первая версия убедительнее.

Фамилия довольно редкая. Встречается в основном на юге России, в Белгородской и Воронежской областях, а также в восточной Украине — там, где было развито земледелие и ручная молотьба. Социально предки Цепулиных — крестьяне, хлеборобы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в списках служилых людей XVI–XVII веков её тоже нет. Написание устойчивое, без вариантов Цепулин/Цепулин — ударение на второй слог, на «у». В отличие от однокоренных Цепунов (тут основа «цепун» — тот, кто цепляет) или Цеповиковых (от «цеповик» — мастер по цепам), Цепулин прямо указывает на человека, который работал цепом, а не делал его.