Фамилия Цейцын — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, здесь мы видим суффикс -ын, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — «Цейцын». Основа же явно не славянская. Скорее всего, перед нами фамилия еврейского происхождения, адаптированная к русской грамматике.

Наиболее вероятная версия отсылает к идишу или ивриту. Корень «цейц» (צײץ) может быть вариантом передачи слова «цайт» (צײַט) — «время». В таком случае фамилия Цейцын могла образоваться от прозвища «Цейц» — человека, связанного с отсчётом времени, возможно, часовщика или синагогального служки, следившего за временем молитв. Суффикс -ын здесь прибавили уже в русскоязычной среде, когда фамилию «русифицировали» по модели «отца звали Цейц, значит, дети — Цейцыны».

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с немецким «Zeitz» (название города в Саксонии-Анхальт). Фамилии, образованные от топонимов, не редкость у евреев-ашкеназов, которые часто брали фамилии по месту жительства или происхождения. Однако для Цейцына такая связь спорна: форма «Цейцын» нехарактерна для немецкого окончания -itz, которое в русском обычно передаётся как -иц (Цейц, а не Цейцын). Поэтому версия с прозвищем от «времени» выглядит убедительнее.

География фамилии узкая. В дореволюционных метрических книгах и переписях Цейцыны встречаются преимущественно в черте оседлости — на территории современных Беларуси, Украины и западных губерний России. Это подтверждает её еврейское происхождение: фамилию закрепили в XIX веке в ходе обязательной паспортизации. Сословно предки, скорее всего, были мещанами или ремесленниками — людьми, чей род занятий давал повод для прозвища.

Что касается словообразовательной модели: фамилия стоит в ряду таких же искусственных образований, как Шейцын, Фрейцын, Бейцын, где основа — искажённое слово на идише, а окончание — русский посессивный суффикс. Это типичный гибрид, показывающий, как иноязычное имя или прозвище «встраивалось» в русскую фамильную систему без перевода.