Фамилия Цибискин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её окончание -ин указывает на стандартную для русских фамилий притяжательную модель: «чей?» — Цибискин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Цибиска. Но вот корень «цибис-» — самое интересное.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Цибиска, а оно, в свою очередь, восходит к диалектному слову «цибик» или «цыбик». В русских говорах, особенно южных и восточных, «цыбик» — это небольшой мешочек, кошель, а также мера сыпучих тел (например, чая). Прозвище Цибиска могли дать человеку невысокого роста, плотному, похожему на мешочек, либо тому, кто торговал чаем или носил с собой характерный кошель. Суффикс -ск- в основе (Цибиск-ин) может указывать на то, что прозвище образовано от названия места или предмета с помощью этого суффикса, но в данном случае он, вероятно, просто часть прозвищной основы.

Версия с иноязычным корнем менее вероятна, но не исключена. Фамилия может быть связана с тюркским «цибис» (редкая птица, чибис) или с каким-либо местным названием. Однако для русской фамильной модели «прозвище + -ин» диалектное «цыбик» — самое прямое и логичное объяснение.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где слово «цыбик» было в ходу. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род дал начало всем носителям. Сословно предки Цибискиных могли быть крестьянами или мещанами — прозвища такого типа редко встречаются в дворянской среде.

Однокоренные фамилии — Цыбиков, Цибиков, Цыбулин — отличаются суффиксами и ударением, но все они так или иначе крутятся вокруг «цыбика» или «цыбули» (лука). Цибискин стоит особняком за счет двойного суффикса -ск-ин, что делает его форму более архаичной и «прозвищной».