Фамилия Цилия — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, поэтому искать её корни стоит не в крестьянской среде центральной России, а на пересечении разных языковых традиций. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или личного имени без дополнительного оформления — так называемая «чистая» основа, которая и стала фамилией.

Наиболее вероятная версия связывает Цилию с греческим именем Кирилл (Κύριλλος, от κύριος — «господин», «владыка»). В южнославянской и украинской среде имя Кирилл через уменьшительные формы могло дать варианты вроде Циля, Цильо, откуда и фамилия Цилия. Такое преобразование звуков (К в Ц перед гласной) — обычное дело в диалектах, где «к» смягчается и переходит в «ц»: Кирилл → Цирил → Циля. Если это так, то предок носителя фамилии мог быть либо самим Кириллом, либо человеком, которого в округе звали уменьшительно-ласкательно Циля.

Другой путь ведёт к польскому и белорусскому слову «cylia» (от лат. cilium — «ресница») или к диалектным названиям травы (например, чистотел). В этом случае фамилия могла закрепиться как прозвище за человеком с длинными ресницами или за тем, кто занимался травами. Однако эта версия уступает первой по распространённости: фамилии от названий частей тела в славянских языках обычно оформляются суффиксами, а «чистая» основа Цилия для такого прозвища нетипична.

Встречается фамилия Цилия в основном на западе Украины, в Беларуси и среди потомков эмигрантов. В России она единична, что подтверждает её «невеликорусское» происхождение. Интересная деталь: в документах XIX века можно найти написание «Цылия» — через «ы», что указывает на южнорусское или белорусское аканье и лишний раз подчёркивает, что фамилия бытовала в устной речи до того, как попала в метрики. Сословный состав носителей определить трудно из-за малочисленности, но по модели образования Цилия скорее крестьянская или мещанская фамилия, нежели дворянская.