Фамилия Цилио — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не славянское. Если отбросить маловероятные версии о случайном совпадении или искусственном происхождении, остаётся один правдоподобный путь: фамилия могла попасть в русскую среду через греческое или итальянское влияние.

Самый прямой вариант — греческая основа. В греческом языке существует слово «τσίλιο» (tsilio) — «губа». Прозвище Губа или Губан давали человеку с заметными, полными губами. Такие прозвища, переходя в фамилии, обычны во многих культурах. В греческой ономастике фамилии на -ио (как Цилио, Павлио, Георгио) — это либо усечённые формы от полных имён, либо прозвища, оформленные по народной модели. Выходцы из греческих поселений (Приазовье, Крым, Одесса) нередко приносили такие фамилии в русскую среду, и их записывали на слух, без переделки на славянский лад.

Вторая гипотеза — итальянские корни. В итальянском есть фамилия Cilio (Чилио), а также её варианты Cilìo. Она восходит к латинскому Caelius — римскому родовому имени. В южной Италии и на Сицилии фамилия Cilio встречается чаще. Если предок носителя был итальянским мастером, купцом или архитектором, приглашённым в Россию в XVIII–XIX веках, фамилия могла сохранить исходное звучание, а в русской записи превратиться в Цилио (буква «ц» передаёт итальянское «c» перед «i»).

Словообразовательно фамилия не содержит русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её иноязычное происхождение. Окончание -о — характерный признак для фамилий, заимствованных из греческого, итальянского, украинского или белорусского, но в данном случае, учитывая редкость, именно греческая или итальянская версия выглядят предпочтительнее.

Географически фамилия Цилио в России встречается единично. По открытым данным, носители зафиксированы в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически были греческие общины, а также в Москве. Это косвенно подтверждает греческую версию. Итальянский след был бы более вероятен для Санкт-Петербурга или крупных портовых городов, но и там фамилия не набирала массовости.

Так что, скорее всего, предок человека с фамилией Цилио был греком, получившим прозвище по заметной черте лица, или итальянцем, чья фамилия восходит к древнеримскому роду. В любом случае, это фамилия-пришелец, сохранившая свой исходный облик без адаптации к русской модели.