Фамилия Цилис — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Чтобы разобраться, нужно отбросить привычные модели на -ов, -ин или -ский. Фамилия не склоняется по мужскому роду (Цилис, Цилиса), что сразу выдаёт в ней заимствованную основу, скорее всего, из языков Прибалтики или Западной Европы.

Самая вероятная версия — латышское или литовское происхождение. В латышском языке слово «cils» означает «благородный», «родовитый», а суффикс -is — типичный для латышских фамилий (как Озолс, Берзиньш). Цилис может быть русифицированной формой латышской фамилии Cīlis или Cīlītis. В таком случае предок носителя фамилии мог быть человеком знатного происхождения, либо же прозвище дали иронично — «барин», «граф» в деревне. В Литве также встречается фамилия Cilis, которая может восходить к литовскому «cylioti» (бродить, шататься) или быть вариантом имени Цилюс.

Вторая, менее вероятная гипотеза — греческое происхождение. В греческом есть слово «κύλις» (kýlis) — «чаша», «кубок». Фамилия могла попасть в Россию через греческих переселенцев или купцов. Однако для греческой фамилии окончание -ис более характерно, чем -ис в русской записи, и в таком случае ударение, скорее всего, падало бы на первый слог (Цилис), что неочевидно.

С точки зрения словообразования фамилия Цилис стоит особняком: в ней нет русского суффикса принадлежности. Это указывает на то, что её носители — либо потомки выходцев из Прибалтики, либо люди, получившие фамилию в канцелярском порядке (например, при переписи) по месту жительства или прозвищу, которое не переделали на русский лад. Географически фамилия встречается в Латвии, а в России — единично, в основном среди потомков латышских переселенцев XIX века, осевших в Сибири или на Северо-Западе.

Таким образом, Цилис — это не «испорченное» русское слово, а цельная прибалтийская фамилия, которая говорит либо о знатном происхождении предка, либо о его прозвище «бродяга». Спор между версиями решается просто: латышская гипотеза опирается на живую языковую среду и реальную историю миграций, греческая — на случайное созвучие.