Фамилия Цимаркина — женская форма фамилии Цимаркин, и её редкость сразу бросается в глаза. В отличие от распространённых «Ивановых» или «Кузнецовых», эта фамилия не лежит на поверхности, и её происхождение приходится собирать по крупицам, опираясь на диалектную лексику и историю прозвищ.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище Цимарка. В южнорусских и украинских говорах словом «цимарка» (или «цимарка») называли вид верхней одежды — нечто вроде зипуна, сермяги или кафтана из грубого сукна. В словаре Владимира Даля «цимарка» упоминается как «род чекменя, казакина, сермяги». Человек, который постоянно носил такую одежду или шил её, легко мог получить соответствующее прозвище. Суффикс -к- в прозвище Цимарка — уменьшительно-пренебрежительный, что указывает на бытовую, неофициальную среду возникновения.

Модель образования фамилии стандартна для русской ономастики: от прозвища на -а/-я (Цимарка) с помощью притяжательного суффикса -ин образовалась фамилия Цимаркин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Цимаркин», то есть сын или потомок Цимарки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где прозвища на -ка широко бытовали.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с личным именем Цимар — возможно, народной формой какого-либо крестильного имени (например, от Кузьма или Косма, где произошла замена начального звука). Однако убедительных доказательств этой версии нет, и «одежная» гипотеза выглядит куда правдоподобнее: она объясняет и конкретное значение прозвища, и его бытовой характер.

Географически фамилия Цимаркина встречается преимущественно в южных регионах России и в Поволжье, что косвенно подтверждает связь с диалектным словом, распространённым именно в этих местах. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским: в дворянской среде прозвища, образованные от названий грубой одежды, не приживались. Таким образом, предок современной Цимаркиной был либо портным, либо просто человеком, за которым закрепилось прозвище по характерной детали одежды — цимарке.