Фамилия Цисин образована от прозвища Цися. Вероятно, оно восходит к древнерусскому слову «цесарь», этимологически связанному с латинским «кесарь» - «государь, император». В Московской Руси цесарями называли правителей Священной Римской империи, возникшей при германцах. Соответственно, цесарцами именовали те народы, которые находились под властью германских императоров, чаще всего чехов и венгров. Поэтому можно предположить, что прозвище Цися также получил выходец из западных земель, некогда представлявших собой территорию Священной Римской империи. Согласно еще одной гипотезе, фамилия Цисин была связана профессиональной деятельностью предка. В ее основу могло лечь латинское слово «cisiarius» - «возница, кучер» или «cisorium» - «режущее орудие, резак». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Цися, со временем получил фамилию Цисин.