Фамилия Циско — редкий случай в русском ономастиконе, где западная основа закрепилась с восточнославянским суффиксом. Вероятнее всего, это адаптация польской или украинской фамилии Цисько (Cisko), которая, в свою очередь, восходит к уменьшительной форме имени Цеслав или Циприан. В польском языке суффикс -ко (-ко) типичен для прозвищ и фамилий, а в русской записи «и» вместо «ь» — обычное фонетическое упрощение: твёрдое произношение «с» перед «к» дало на письме «ци».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «цискать» (пищать, издавать тонкий звук). В этом случае фамилия могла принадлежать человеку с высоким голосом или, в переносном смысле, тому, кто «пищал» при работе (например, настройщику музыкальных инструментов). Однако эта гипотеза слабее, так как глагол редок и не дал массовых фамилий.

География фамилии Циско сегодня размыта. Единичные носители встречаются на западе России, в Беларуси и на Украине — там, где исторически пересекались польское, украинское и русское влияние. В переписях XIX века фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение: её давали по прозвищу, а не по наследственному титулу.

Интересная деталь: фамилия Циско могла возникнуть независимо в разных местах как вариант написания фамилии Цисько. Если предок писался через «ь» (Цисько), то при переходе в русскую документацию мягкий знак часто опускали, а «сь» превращалось в «си» — так и появилось современное Циско. Это объясняет, почему фамилия не имеет единого корня и встречается спорадически: она не столько «пришла», сколько «переписалась» в канцеляриях.