Фамилия Цупкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин от основы, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — «Цупк(а)». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Цупкин» значит «сын Цупки» или «человек из семьи Цупки». Это типичная патронимическая (по отцу) или прозвищная фамилия, каких в России тысячи.

Главный вопрос — что скрывается за прозвищем Цупка. Здесь возможны два основных варианта, и оба связаны с бытовой жизнью. Первый: от глагола «цупать» — в русских говорах это слово означало «хватать», «цапать», «брать». Цупкой могли назвать человека хваткого, цепкого, скорого на руку, возможно, нечистого на неё. Второй вариант: от диалектного «цупка» — «ручка», «ухват», «черенок». В этом случае прозвище могло относиться к ремесленнику, делавшему рукоятки для инструментов, или просто к человеку с какой-то приметной особенностью (например, цепкие руки).

Менее вероятна, но возможна связь с «цуп» — старинной мерой сыпучих тел (что-то вроде горсти или пригоршни). Тогда прозвище могло закрепиться за торговцем зерном или за тем, кто отмерял товар. Однако в ономастических справочниках эта версия не подтверждена, а первая — «хватательный» смысл — встречается чаще.

Географически фамилия редкая, её очаги — центральные и южные области России, где были распространены «акающие» говоры. Интересно, что фамилия Цупкин, в отличие от однокоренной Цапкин (от «цапать»), сохранила более архаичную, диалектную форму корня. В документах XIX века она встречается в основном в крестьянской и мещанской среде, что неудивительно: прозвища по действию или предмету быта были самой ходовой моделью для низших сословий.