Фамилия Цыганеева — женская форма от Цыганеев, и её разбор стоит начать с финала, который сразу выдаёт нетипичную модель. Суффикс -еев, а не привычный -ов или -ев, встречается реже и указывает на то, что основа фамилии оканчивалась на -ей или -ай: Цыганей, Цыганай. Такие формы в русской ономастике обычно восходят к прозвищам или именам тюркского или кавказского происхождения, где конечный -ей — показатель принадлежности или ласкательный суффикс.

Корень фамилии — «цыган» — прозрачен, но не стоит спешить с выводом, что предок был цыганом по этнической принадлежности. В русских говорах слово «цыган» имело и переносные значения: так называли черноволосого, смуглого человека, а также бродягу, торговца лошадьми или человека, склонного к обману. Прозвище Цыган давали не только за внешность, но и за образ жизни или ремесло — например, кузнецу, который кочевал по деревням, или конокраду. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Цыган, и это не говорит об их происхождении — скорее о бытовой характеристике.

Географически фамилия тяготеет к южным и восточным регионам России: Поволжье, Урал, Оренбуржье. Там смешение русских, татар, башкир и калмыков делало прозвища по внешности особенно частыми. Форма Цыганеев могла возникнуть в среде, где прозвище Цыган получило тюркский патронимический суффикс -ей (сын Цыгана), а затем к нему добавился русский -ев. Это редкий случай двойной адаптации — сначала тюркская, потом славянская.

Версия о том, что фамилия происходит от названия села Цыганеево (если такое существовало), маловероятна: топонимов с таким корнем в официальных списках нет. Скорее, наоборот — село могло получить имя от фамилии первопоселенцев.

Носителей фамилии Цыганеева мало, и в дореволюционных метрических книгах она почти не встречается. Это говорит о том, что фамилия либо поздняя (XIX век), либо локальная — закрепилась в одном уезде или даже в одной деревне. Известных людей с такой фамилией нет, и в этом нет ничего удивительного: редкие фамилии, особенно с нестандартным суффиксом, часто остаются в тени массовых списков.