Фамилия Цынгунов — одна из тех, где за привычным русским окончанием -ов скрывается неочевидная основа. Чтобы понять её происхождение, стоит отбросить современное написание и послушать, как слово звучит. В основе почти наверняка лежит прозвище Цынгун — вариант слова «цынгун» или «цынга», то есть цинга, болезнь, вызванная недостатком витамина C. В старину цинга была распространённым и тяжёлым недугом, особенно в северных и сибирских регионах, где зимой не хватало свежих овощей. Прозвище Цынгун могли дать человеку, который болел цингой, имел характерные следы на лице или теле, либо, по ироничной народной логике, был настолько здоров, что «переболел» ею в шутку.

Модель образования проста: прозвище на -ун (Цынгун) плюс типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Цынгуна», то есть потомок человека с таким прозвищем. Суффикс -ун в русских прозвищах часто обозначал носителя признака или действия (бегун, крикун, ворчун), и здесь он работает так же. Фамилия могла закрепиться в крестьянской среде, где прозвища давали по внешним или физическим особенностям без злого умысла — скорее как бытовая примета.

Встречается она редко, и географически скорее всего привязана к северным или центральным губерниям России, где цинга была реальной проблемой. Написание через «ы» после «ц» — не ошибка, а отражение старого произношения: в русских говорах «цы» и «ци» могли смешиваться, и фамилия фиксировалась так, как слышалась. В современных документах встречаются варианты Цингунов и Цынгунов, но исходная форма с «ы» выглядит архаичнее.

Других правдоподобных версий, например, от тюркского корня или от имени, нет — слишком специфична связь с болезнью. Фамилия Цынгунов — редкий, но яркий пример того, как бытовая хворь, народная ирония и словообразовательная модель русского языка сложились в фамилию, которая звучит необычно, но объясняется просто.