Фамилия Цынгин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа — слово «цынга» (или «цинга»), которое в русском языке означает болезнь, вызываемую недостатком витамина C. В старину цинга была распространённым и тяжёлым недугом, особенно в северных и сибирских регионах, где зимой не хватало свежих овощей и фруктов. Прозвище Цынга могли дать человеку, который перенёс эту болезнь и имел характерные внешние признаки (например, дёсны, поражённые цингой, или бледность), либо тому, кто лечил таких больных — знахарю или лекарю.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Цынгин — «сын Цынги» или «из семьи Цынги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев или жителей отдалённых деревень, где цинга была настоящим бичом — в таком случае прозвище носило не оскорбительный, а скорее бытовой, описательный характер.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «цынга» в значении «скупой, жадный человек» (в некоторых говорах). Однако эта гипотеза не имеет надёжного подтверждения в ономастических словарях. В любом случае, фамилия Цынгин — не дворянская и не аристократическая, а крестьянская или посадская, что подтверждается её простой словообразовательной моделью. Встречается она в основном в северных и центральных областях России, но крайне редко — по данным переписей, носителей этой фамилии в стране не более нескольких сотен человек.