Фамилия Цынкин — редкий случай, когда написание через «ы» после «ц» не ошибка, а историческое свидетельство. В дореформенной орфографии сочетание «цы» было нормой (ср. старые написания «цыган», «цыплёнок», «на цыпочках»), и многие фамилии, образованные от слов с корнем «цинк» или «цынк», фиксировались именно так. Современная форма «Цынкин» — архаичная, но не искажённая: она сохранила ту графику, какой пользовались в метрических книгах XIX века.

Основа фамилии — «Цынк/Цинк». Здесь возможны два пути. Первый: прозвище Цынк (Цинк) могли дать человеку, связанному с обработкой металлов — лудильщику, жестянщику или торговцу цинком. Второй: в южнорусских и украинских говорах «цынк» означало «крик, визг», или «цынкать» — «визжать, пищать». В таком случае прозвище могло закрепиться за обладателем резкого, пронзительного голоса. Обе версии имеют право на жизнь, но первая (ремесленная) встречается в фамилиях чаще: модель «профессия → прозвище → фамилия на -ин» для русского ономастикона типовая.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Цынкин, то есть сын или потомок Цынка. Это патронимическая модель, самая распространённая в центральной и северной России. Фамилия недворянская: суффикс -ин, а не -ов, чаще встречался у крестьян, мещан и купцов, хотя строгого сословного запрета не было.

Географически фамилия Цынкин тяготеет к югу России и Украине. Встречается в Воронежской, Курской, Ростовской областях, а также в еврейских местечках черты оседлости — там написание через «ы» могло закрепиться в канцелярских записях при адаптации идишских или немецких фамилий (например, от немецкого Zink). В любом случае, это не массовая фамилия: носителей немного, и каждый вариант написания (Цынкин, Цинкин, Цынков) — отдельная ветвь, требующая генеалогической проверки.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Цинков, Цинкевич, Цынков — показывает, что корень устойчив, а суффиксы различаются по региону. Цынкин — типично русская форма, без полонизмов и украинизмов, что сужает круг поиска предков до великорусских губерний с традиционным «цыканьем».