Фамилия Цынковский — относительно редкая и звучит по-польски или по-западнорусски, хотя её корень может оказаться неожиданно простым. Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение в Речи Посполитой: так образовывали фамилии владельцы поместий, а позже — духовенство и выходцы из мещан. В России такие фамилии часто закреплялись за семинаристами или переселенцами с западных земель.

Основа «Цынк-» почти наверняка связана с металлом цинком. Первый носитель мог получить прозвище Цынка — либо за профессию (цинковальщик, лудильщик, торговец цинком), либо по характерной внешности (седой, с металлическим отливом волос). В польском языке słowo «cynk» означает то же самое, и фамилия Cynkowski встречается в исторических записях. Есть и более прозаичная версия: от названия села Цынково или Цынков — такие топонимы могли существовать на территории современной Беларуси или Украины, где цинк добывали или обрабатывали.

В русском написании «Цынковский» с буквой «ы» — это адаптация под кириллицу: в польском оригинала была бы буква «y» (Cynkowski). Такая передача через «ы» типична для XIX века, когда фамилии записывали на слух, не задумываясь о единообразии. Встречается также вариант «Цинковский» — с буквой «и», но он менее распространён.

Сословно фамилия не была однозначно дворянской. Если предок получил её по месту, то мог быть мелкопоместным шляхтичем, а если по профессии — то горожанином или ремесленником. В духовных училищах фамилии на -ский давали ученикам из простонародья для благозвучия, так что Цынковский мог оказаться и сыном дьячка, которого «облагородили» звучным окончанием.

Сегодня фамилия встречается в основном в России, на Украине и в Беларуси, но остаётся малочисленной. Её носители, скорее всего, потомки выходцев из западных губерний Российской империи, где польское влияние смешивалось с восточнославянскими говорами.