Фамилия Цыпулины — довольно редкая, и её происхождение уходит корнями в русскую диалектную лексику. Скорее всего, в её основе лежит не имя, а прозвище, связанное с особенностью внешности или манеры поведения человека.

Первое, что приходит на ум при взгляде на корень «цып-», — это цыплёнок. В русских говорах слово «цыпа» или «цыпка» могло означать не только домашнюю птицу, но и ласковое обращение к ребёнку или женщине. Однако в основе прозвища чаще лежал не комплимент, а наблюдение: так могли назвать маленького, щуплого человека, того, кто семенит мелкими шажками, или человека с «цыпками» — так в некоторых регионах называли трещины на коже рук от холода и грязи. Учитывая, что фамилия образована с помощью типичного русского суффикса -ин, она отвечает на вопрос «чей?»: сын Цыпули. То есть прозвище Цыпуля получил глава семьи.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах «цыбуля» — это лук. Фамилии от названий овощей и растений встречаются сплошь и рядом (Капустин, Огурцов). Возможно, в основе лежит диалектное «цыпуля» — искажённое «цибуля». В этом случае прозвище мог получить огородник, торговец луком или человек с горьким, «луковым» характером. Эта версия менее вероятна, потому что переход «б» в «п» нехарактерен для русского языка, но в условиях смешения говоров полностью исключать её нельзя.

Фамилия Цыпулины — яркий пример того, как прозвище, данное по внешнему сходству или сельскому быту, закрепилось в качестве родового имени. Она не дворянская, не княжеская, а крестьянская или мещанская по своему происхождению — из тех, что возникали в среде простого народа в XVII–XIX веках. Географически её стоит искать в центральных и южных областях России, где были распространены «цокающие» или «цекающие» говоры. Встречается она и у старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные прозвища.