Фамилия Цюпий — редкая, и её происхождение сразу ставит перед исследователем несколько загадок. Главная из них — корень. В славянских языках нет распространённого слова «цюп» или «цюпа», которое легло бы в основу прозвища. Это наводит на мысль, что перед нами либо фамилия с иноязычной основой, либо результат диалектного или фонетического искажения.

Наиболее вероятная версия — украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -ий характерен для украинских фамилий, образованных от прилагательных или прозвищ (сравните: Шевченко — не типично, зато Цюпий вписывается в ряд вроде Глухий, Босий). Сама основа «цюп» может быть вариантом слова «цюпка» — в некоторых говорах так называли небольшой чуб, хохолок или пучок волос. Тогда Цюпий — прозвище человека с торчащими вихрами или необычной причёской. Есть и более прозаичная версия: «цюпать» в диалектах означало «чавкать», «шлёпать по грязи» — так могли прозвать неопрятного или медлительного человека.

Фамилия не имеет аристократического суффикса -ов/-ев, который в России часто получали крестьяне при переписях, а заканчивается на -ий, что типично для западнорусских и украинских земель. Это указывает на то, что носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища закреплялись в быту и передавались без «облагоживания» окончания.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — Украина, особенно западные и центральные области, а также приграничные районы России. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем письменном закреплении или локальном бытовании. Сравнение с однокоренными фамилиями (Цюпа, Цюпко) подтверждает, что корень «цюп» — это именно прозвище, а не крестильное имя.

Таким образом, фамилия Цюпий — это украинское по форме прозвище, которое, скорее всего, описывало внешность или повадку предка. Точное значение зависит от говора, но в любом случае оно указывает на простого человека из народа, жившего на юго-западных рубежах России или в Малороссии.