Фамилия Цюпина — женская форма фамилии Цюпин, и её разговорный, «домашний» характер виден сразу по суффиксу -ин. В русской ономастике этот суффикс (а также -ов/-ев) указывает на принадлежность: Цюпин значит «сын Цюпы» или «человек из семьи Цюпы». Мужская форма, скорее всего, писалась и произносилась как Цюпин, а не Цюпин — ударение в фамилиях этого типа обычно падает на основу, если прозвище было коротким.

Корень «Цюп-» — редкий и неоднозначный. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «цюпа» или «цюпка». В южнорусских и украинских говорах так называли кисть руки, горсть, а в переносном смысле — что-то маленькое, сжатое, неполное. Прозвище Цюпа могли дать человеку небольшого роста, с маленькими руками или тому, кто постоянно что-то сжимал в кулаке, работал «горстью» (например, жнец, собиравший колосья). Есть и более экзотическая версия: в некоторых местностях «цюпа» означало пучок соломы или сена, что могло указывать на крестьянина, занятого заготовкой корма.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям России, а также к Украине и Белоруссии. Встречается она редко, и это говорит о том, что прозвище было локальным, не вышедшим за пределы одной-двух волостей. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, Цюпин/Цюпина — типичная крестьянская фамилия, возникшая в среде, где прозвище закреплялось за родом без официальной регистрации.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшая параллель — Цюпа (без суффикса). Такая форма тоже встречается, но реже. Более известная фамилия Цюпанов или Цюпкин — это уже варианты с другими суффиксами, которые могли образоваться в разных регионах независимо. Все они, скорее всего, восходят к тому же диалектному корню, но не обязательно к одному и тому же прозвищу.

Таким образом, фамилия Цюпина — это не «княжеская» и не «литературная» фамилия. Она из тех, что сохраняют звук живой речи: короткое прозвище, данное по внешности или занятию, которое через поколение стало фамилией. Носительница этой фамилии может с большой вероятностью считать, что её предки были крестьянами из южнорусских или украинских земель, а само прозвище было связано либо с маленьким ростом, либо с работой руками.