Фамилия Тубинская — женская форма фамилии Тубинский. Её основа — топоним Туба, который мог обозначать как реку (например, приток Енисея, река Туба в Красноярском крае), так и населённый пункт (деревни Туба в разных регионах России). Суффикс -ск- типичен для фамилий, образованных от географических названий: он указывает на происхождение человека из данной местности. Таким образом, Тубинский — это «тот, кто родом с Тубы», а Тубинская — его жена или дочь.

Вероятнее всего, фамилия закрепилась за выходцами из мест, где протекает река Туба или стоит село с таким названием. Река Туба известна в Сибири, а одноимённые деревни встречаются, например, в Кировской и Тверской областях. В этом случае предки носителей фамилии были переселенцами или крестьянами, получившими прозвание по месту жительства.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским словом «туба» (род, племя) или с диалектным русским «туба» (глухой, нелюдимый человек). Однако первая гипотеза, с топонимом, надёжнее, так как модель «основа-топоним + -ск-/-цк-» — одна из самых распространённых в русской антропонимии, особенно для фамилий дворянского или духовного происхождения.

Фамилия Тубинская встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, модель на -ский часто указывает на более позднее образование или на связь с конкретным географическим объектом, а не с прозвищем.