Фамилия Тубукова — женская форма фамилии Тубуков, и её разбор стоит начать с самого неочевидного: корня. В русских фамилиях на -ов/-ев основа почти всегда ясна (кузнец, поп, сокол), но здесь корень «тубук» — тёмный. Это не общеупотребительное слово, и его происхождение приходится выводить через диалекты или иноязычные заимствования.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В башкирском, татарском и казахском «тубук» (или «төбөк») означает «голень», «голеностоп» или «лодыжка». Прозвище Тубук могли дать человеку с характерной походкой, травмой ноги или просто по внешней примете — например, если у него была короткая или кривая голень. Такие прозвища по частям тела (Голень, Бедро, Пятка) встречаются в русской и тюркской антропонимии, но фамилия Тубуков — редкий пример именно с этой основой.

Словообразовательная модель стандартна: суффикс -ов/-ев образует фамилию от мужского прозвища Тубук. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Тубу́кова, хотя в говорах возможны варианты. Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, южный Урал. Встречается она нечасто, и это говорит о том, что основа не была массовой.

Менее вероятная, но допустимая версия — от русского диалектного «тубук» в значении «тупик», «глухой конец». В некоторых северных говорах так называли захолустное место или нелюдимого человека. Однако доказательств такой основы мало, и тюркская этимология выглядит убедительнее, особенно с учётом типичной для русских фамилий адаптации иноязычных прозвищ.

Предки носителей фамилии Тубукова, скорее всего, были людьми из тюрко-русского пограничья — крестьянами, казаками или мещанами, получившими прозвище по телесной особенности. Сословная принадлежность не закреплена в самой фамилии, но суффикс -ов указывает на её формирование в среде, где фамилии давали по отцу или прозвищу, а не по месту жительства.