Фамилия Туболец — редкий пример того, как прозвище, указывающее на географическое происхождение, обросло загадками из-за особенностей произношения. В основе фамилии лежит прозвище Туболец, которое, скорее всего, является искаженной формой слова «тоболец», то есть «житель города Тобольска». Если эта версия верна, то основатель рода был выходцем из Сибири, а точнее — из города, основанного в 1587 году в праздник Святой Троицы. Предание связывает место основания Тобольска с высадкой воинов Ермака во время знаменитой битвы на Чевашском мысу, которая решила вопрос о присоединении Сибирского ханства к России. Замена гласной «о» на «у» в первом слоге — типичная особенность народной этимологии, когда незнакомое слово подгоняют под более привычные формы, поэтому «тоболец» легко превратился в «туболец».

Есть и другая гипотеза, которая выводит прозвище из украинского слова «тубiлець» — «уроженец и коренной житель какой-либо местности». В таком случае прозвище Туболец мог получить человек, долгое время проживший на одном месте, оседлый крестьянин, в отличие от пришлых или переезжающих. Эта версия выглядит правдоподобной для южнорусских и украинских территорий, где слово «тубилець» бытовало в живой речи.

Какую из версий считать основной, сказать трудно. Обе они указывают на одну и ту же модель: прозвище по месту жительства или происхождению. Суффикс «-ец» в обоих случаях работает одинаково — он образует название жителя по топониму или по признаку оседлости. Фамилия закрепилась в форме, которую мы видим сегодня, без дополнительного патронимического суффикса, что характерно для прозвищ, перешедших в фамилии напрямую. Сам факт того, что прозвище не получило типичного окончания «-ов» или «-ин», говорит о его позднем закреплении или о влиянии западнорусской и украинской традиции, где бессуффиксные фамилии встречаются чаще.