Фамилия Тунгулина звучит непривычно для русского уха, и за этим звучанием скрывается как минимум две версии происхождения, уводящие нас в разные стороны — от тюркских степей до северных русских земель. Если отталкиваться от личного имени, то основу фамилии, предположительно, составило древнетюркское именование Тунгула. Его разбирают как сочетание двух корней: «төн» (ночь) и «гулу» (цветок), что вместе дает поэтичное значение «ночной цветок». Такое имя могли дать ребенку, родившемуся в темное время суток, но не только поэтому. У многих народов существовал обычай нарекать детей «растительными» именами, чтобы природа признала младенца своим и передала ему свои качества — красоту, силу или стойкость.

Однако есть и другая, не менее правдоподобная версия, которая связывает фамилию не с именем, а с прозвищем по месту жительства. В этом случае в основе лежит топоним Тунгула или Тюнгюлю. Тюнгюлю — это известное село на севере Мегино-Кангаласского улуса в Якутии. Название Тунгула носит и населенный пункт в Карелии, и река в Краснодарском крае. Если следовать этой логике, то прозвище Тунгулин закреплялось за человеком, который был родом из одного из этих мест или жил на берегу одноименной реки. Такая практика — называть человека по местности, откуда он пришел, — была повсеместной на Руси, особенно в эпоху активного освоения новых земель.

Фамилия в привычной нам форме с суффиксом -ин закрепилась за потомками того самого Тунгулы или Тунгулина не позднее XV–XVI веков, когда на Руси начался массовый процесс передачи наследственных именований. Суффикс -ин в русской ономастике указывает на принадлежность: чей сын, чей человек. То есть Тунгулина — это буквально «дочь или жена Тунгулы». Примечательно, что фамилия встречается в документах далеко за пределами предполагаемых мест своего зарождения. Так, в Книге памяти Тюменской области упоминается Григорий Андреевич Тунгулин, родившийся в 1898 году в деревне Митрофаново Вагайского района. Этот факт показывает, как фамилия, имеющая, возможно, южные или восточные корни, со временем расселилась по всей стране, осев в сибирских деревнях.