Фамилия Тунякин образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность к роду: «чей?» — Тунякин, то есть сын или потомок Туняки. Суффикс -ин типичен для фамилий, произошедших от основ на -а или -я, что здесь и видим. Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Туняка.

Корень «Тун-» вызывает несколько версий, и стоит разобрать их по степени вероятности. Самая прямая и правдоподобная: Туняка — это уменьшительно-уничижительная форма от имени Тихон (в диалектном произношении «Тиха́н» или «Ту́ня»). В русских говорах звук «и» мог переходить в «у» под влиянием аканья или просторечия, а суффикс -як (-яка) придавал прозвищный оттенок, часто с лёгкой иронией или бытовой фамильярностью. Таким образом, Туняка — это «маленький Тихон» или «Тихон, которого зовут попросту». Фамилия Тунякин, следовательно, означает «потомок Туняки», то есть человека, которого в округе знали под этим прозвищем.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «тун» — ночь, тёмный. В этом случае Туняка могло быть прозвищем темноволосого или смуглого человека, либо того, кто работал в ночную смену (например, сторож). Однако для русских фамилий такая мотивация встречается реже, чем адаптация крестильного имени. Кроме того, суффикс -як в русских прозвищах чаще присоединяется к славянским основам, чем к заимствованным.

Географически фамилия Тунякин редкая и тяготеет к центральным и поволжским регионам России, где были распространены диалектные формы имени Тихон. Встречается она и у мордвы, что может указывать на давнее усвоение русского имени в иноязычной среде с последующей русификацией фамилии.

С точки зрения социального происхождения, фамилия Тунякин скорее всего крестьянская или мещанская: прозвища с суффиксом -яка в документах XVI–XVII веков фиксировались у посадских людей и крестьян, а не у дворян. Никаких громких исторических деятелей с этой фамилией не известно, и это нормально — большинство русских фамилий возникло в среде простых людей и дошло до наших дней без пышных биографий.