Фамилия Тутынин образована от прозвища Тутынь. Прямой ответ на вопрос о происхождении: предок носителя этой фамилии получил прозвище Тутынь, а уже его потомки закрепили за собой фамилию по отцу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Тутынин — это «сын Тутыня» или «человек из рода Тутыня».

Сам корень прозвища, скорее всего, имеет черкесские корни. Наиболее вероятная версия связывает его со словом «тутын», что в переводе с адыгских языков означает «табак». В таком случае основатель рода Тутыниных мог заниматься выращиванием табака на продажу — это было распространённое ремесло в предгорьях Кавказа. Менее привлекательная, но тоже возможная трактовка: прозвище Тутынь получил заядлый курильщик. Отсюда уже пошёл переносный смысл: вялого, апатичного человека, который словно постоянно находится в дыму, тоже могли называть Тутынем.

Существует и альтернативное объяснение, которое, впрочем, выглядит менее убедительным. Некоторые исследователи выводят прозвище из черкесского «туутъан» — «родной». Эта версия правдоподобна, если прозвище давали приёмному ребёнку или человеку, который стал своим в чужой общине. Однако именно «табачная» гипотеза объясняет и наличие прозвища, и его возможный насмешливый оттенок, поэтому она кажется более естественной для бытовой ономастики.

Сама фамилия довольно редкая и территориально привязана к югу России, к регионам, где исторически был тесный контакт славянского и черкесского населения. Это не московская и не петербургская фамилия, её корни уходят в казачью или крестьянскую среду Северного Кавказа и Причерноморья. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, форма на -ин здесь не обязательно указывает на русское происхождение основы — она просто адаптирует иноязычное прозвище к русской словообразовательной модели.