Фамилия Убайдулин — одна из тех, что пришли в русский обиход вместе с исламом и тюркскими языками. Её основа — арабское мужское имя Убайдулла (варианты: Убайдулло, Убайдуллах), которое переводится как «маленький раб Аллаха» или «слуга Всевышнего». Уменьшительная форма «Убайд» (от арабского `абд` — «раб») плюс «Аллах» даёт значение «смиренный, покорный Богу». Это имя было популярно у народов, исповедующих ислам, особенно у татар, башкир, казахов и узбеков.

Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Убайдулин, то есть сын или потомок человека по имени Убайдулла. Такая модель образования фамилий (от имени отца через притяжательное прилагательное) типична для русской ономастики, но в данном случае она наложилась на нерусскую основу. Фамилия закрепилась в среде татарского и башкирского купечества, духовенства и служилых людей, которые в XVI–XIX веках переходили в русское сословное общество.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ов (Убайдуллов), вариант с -ин встречается реже. Это может говорить о том, что предки носителя фамилии жили в местности, где преобладал именно этот суффикс (например, в некоторых районах Поволжья или Приуралья). Иногда написание путают с Убайдуллин — двойное «л» встречается в татарских фамилиях, образованных от имени Убайдулла с аффиксом -ин, но в русской записи часто упрощается до одной буквы.

В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия Убайдулин фиксируется в основном среди татар-мусульман Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний. Социальный состав был разным: от мулл и учителей медресе до крестьян и мелких торговцев. Фамилия не имеет отношения к каким-либо другим корням — попытки связать её с русским словом «убедить» или с тюркским «бай» (богатый) ошибочны, так как исходное имя строго теофорное (связанное с Богом).