Фамилия Убекова — женская форма фамилии Убеков. Её основа, Убек, почти наверняка восходит к тюркскому мужскому имени Убек (или Убеккул), которое в свою очередь состоит из двух частей: «уб» (от тюркского «уба» — «маленький», «младший») и «бек» (князь, господин, повелитель). Таким образом, имя Убек буквально означало «младший князь» или «маленький господин». В тюркской ономастике такие составные имена с компонентом «бек» были широко распространены: они подчёркивали знатность рода или пожелание высокого положения ребёнку.

Фамилия образована по русской модели — с помощью патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Убека». Модель типична для фамилий, которые возникли у тюркских народов в составе Российской империи в XIX — начале XX века, когда при документальном оформлении отчества и фамилии русифицировались.

Географически фамилия Убеков (и Убекова) наиболее характерна для татар, башкир и других тюркоязычных народов Поволжья и Урала. Встречается также у казахов и узбеков, но там чаще сохраняется исходная форма имени без суффикса, либо фамилия оформляется по-другому. В русских архивных документах XVIII–XIX веков, например, в метрических книгах Оренбургской или Казанской губерний, можно найти записи о служилых татарах или башкирах по фамилии Убековы.

Альтернативная версия, которую иногда выдвигают, — связь с тюркским словом «убек» (или «увик») в значении «понимающий», «разумный». Однако эта гипотеза слабая: в тюркских языках нет устойчивой лексемы с таким значением, а имя Убек хорошо документировано именно как антропоним с компонентом «бек». Поэтому основная версия — происхождение от тюркского имени — надёжнее.

Таким образом, носительница фамилии Убекова может считать своими предками человека по имени Убек, который, скорее всего, жил в среде тюркоязычного населения восточных окраин России и был, судя по имени, не из самых низких слоёв — «маленький князь» в прозвище мог указывать на принадлежность к военной или служилой знати.